内蒙古额尔古纳国家级自然保护区位于内蒙古大兴安岭山脉北段西坡，行政区划位于内蒙古呼伦贝尔市额尔古纳市境内，西北以额尔古纳河为界，与俄罗斯隔河相望；北与奇乾林业局毗邻；南与额尔古纳市的吉拉林林业局接壤，东南与莫尔道嘎林业局相连。地理坐标为东经120°00′26″-120°58′02″，北纬51°29′25″-52°06′00″。保护区筹建于1998年初，同年经额尔古纳市人民政府批准建立了县级自然保护区。2001年11月，经内蒙古自治区人民政府批准晋升为自治区级自然保护区。2006年2月，国务院正式批准晋升为国家级自然保护区。保护区总面积为124527公顷，其中核心区面积为74183公顷，缓冲区面积为29774公顷，实验区面积为20570公顷。

内蒙古额尔古纳国家级自然保护区主要树种有兴安落叶松、白桦、樟子松、山杨、黑桦等，森林总蓄积量1477万立方米，其中兴安落叶松蓄积10 16万立方米，白桦412万立方米，山杨30万立方米，樟子松9万立方米，黑桦9万立方米。有林地面积115850公顷，森林覆盖率93%。保护区共有野生植物858种，隶属于155科476属，其中低等植物152种，隶属于106属35科，主要包括藻类植物（65种）、大型真菌（87种）；高等植物706种，隶属于120科370属，主要包括苔藓植物（167种）、蕨类植物（12种）、裸子植物（5种）、被子植物（522种）。保护区有国家二级重点保护植物3种，即钻天柳、浮叶慈菇、东北岩高兰。保护区内共有329种脊椎动物，分别属于33目、71科，占内蒙古脊椎动物总数（712种）的46.2%。其中兽类56种，隶属于6目14科35属，占内蒙古兽类总数（138种）的40.6%，占中国兽类总数（636种）的8.8%；鸟类227种（11亚种），隶属于16目40科120属，占内蒙古鸟类总数（436种）的54.6%，占中国鸟类总数（1183种）的20.1%。在兽类中，大兴安岭寒温带针叶林（泰加林）特有种8种，有国家一级重点保护兽类3种（紫貂、貂熊、原麝），国家二级重点保护动物有6种（棕熊、水獭、猞猁、雪兔、马鹿、驼鹿）。在鸟类中，有特有种7种，国家一级重点保护鸟类有8种（黑鹳、金雕、白尾海雕、玉带海雕、黑嘴松鸡、白头翁、白鹤、丹顶鹤），国家二级重点保护鸟类有35种（角、大天鹅、小天鹅、鹗、黑鸢、苍鹰、雀鹰、松雀鹰、普通鵟、毛脚鵟、乌雕、白尾鹞、鹊鹞、白头鹞、矛隼、游隼、燕隼、灰背隼、红隼、黑琴鸡、柳雷鸟、花尾榛鸡、灰鹤、白枕鹤、蓑羽鹤、小鸥、红角鸮、猛鸮、花头鸺鹠、长尾林鸮、乌林鸮、长耳鸮、短耳鸮、鬼鸮、雪鸮）。此外，保护区有鱼类31种，昆虫626种。