福建君子峰国家级自然保护区位于福建省三明市明溪县境内，始建于1995年。2003年，经福建省人民政府批准为省级自然保护区，2008年1月经国务院批准晋升为国家级自然保护区。保护区总面积18060.5公顷，其中核心区面积7497.6公顷，缓冲区面积4035.8公顷，实验区面积6527.1公顷。是以保护中亚热带、低纬度、低海拔平缓坡面的常绿阔叶林，木本药用植物种质资源，名贵用材树种种质资源，重点保护的野生动物、候鸟迁徙通道等原始森林生态系统为主的自然保护区。

福建君子峰国家级自然保护区已查明维管束植物资源115目219科1692种，其中蕨类6目39科180种、裸子植物2目7科14种、被子植物107目173科1498种。被子植物中木兰纲5目6科23种、樟纲3目3科41种、胡椒纲2目3科9种、石竹纲5目8科49种、百合纲22目35科297种、毛茛纲5目10科42种、金缕梅纲5目7科62种、蔷薇纲60目116科975种。保护区内经济植物资源非常丰富，有药用植物776种，食用植物102种，园林绿化植物173种、鞣料植物37种、油脂植物115种、芳香植物47种、蜜源植物119种、纤维植物84种。福建君子峰国家级自然保护区动物资源丰富，已查明野生脊椎动物34目100科384种，其中鱼类5目13科49种、两栖类2目7科26种、爬行类3目12科63种、鸟类17目47科197种、兽类8目21科49种。列入国家重点保护的有种，其中国家一级保护的有豹、黄腹角雉、白颈长尾雉、蟒蛇4种。